先天性巨肠症的病因一般包括胚胎发育异常、遗传因素、肠壁微环境紊乱等。建议在医生的指导下，通过检查，明确病因进行治疗。
1、胚胎发育异常：在胚胎发育期间，如果胚胎本身发育就出现了问题，导致肠神经迁移发育，就有可能造成肠管痉挛，蠕动消失，后期容易引起排便功能异常。
2、遗传因素：受先天遗传因素影响，如果有家族史者，通常患病率要比正常人要高。
3、肠壁微环境紊乱：根据以往报道，肠道微环境出现异常，也会引发先天性巨肠症发作。
先天性巨肠症除了和以上几种原因有关以外，也有可能是环境因素等造成的，如果有其他异常，则应及时就医处理。