眼部扁平疣的去除方法主要是通过一些口服类的药物或者是做激光和冷冻治疗。
1、眼部皮肤上面出现扁平疣，主要是受到了病毒感染造成的，也有可能是自身的免疫力比较低下导致的，可以在医生指导下合理使用一些提高免疫力一类的药物来做改善，另外也可以配合一些抗病毒类的药物，能够有效减轻局部出现的扁平疣症状。
2、如果扁平疣体积比较大必要的时候需要通过激光治疗，通过激光产生的较高能量，直接对局部的皮肤照射，然后将皮肤当中的一些炎症物质以及毒素排除掉，可以达到一定消除扁平疣的效果，使局部的皮肤变得比较的平整光滑一些。
3、冷冻也属于比较常见祛除扁平疣的方式，主要是利用极低的温度，对局部的皮肤，自己可以将里面的一些毒素细胞杀死掉，改变局部出现的扁平疣症状。