牙齿正畸可能会引起牙齿表面釉质损伤、牙根损伤或牙龈、牙周等破坏的副作用，对牙齿的损伤是非常严重的。牙齿正畸就是矫正牙齿、解除错牙和畸形，最终使牙齿变得整齐。矫正过程中会借助一些辅助器来辅助治疗，长期佩戴可对牙齿进行摩擦损伤，甚至损伤牙龈，引起一系列的口腔疾病。因此在牙齿正畸矫正期间一定要定期进行复查，以便出现意外能及时进行矫正。
1、有些患者需要永久的带上牙套。长期的稳定性，是传统正畸常见的问题。除非患者选择了更换牙齿，不然治疗之后通常都会导致复发，复发的频率是比较高的，这需要患者长期的佩戴保持器，对这种正畸的效果进行维持。
2、牙齿表面有牙釉质的组成，是一种坚硬的矿物质涂层，可以保护牙齿免受腐烂。当使用支架的时候，支架就会与唾液产生化学作用，这时就会腐蚀牙齿上面的牙釉质。由于托槽被固定在牙齿上，所以非常难清洁，如果牙齿没有得到适当的清洁，就会导致龋齿的发生，有时还会引起牙龈的发炎，导致牙齿腐烂、脱钙这些问题，有的患者还会出现牙龈红肿、出血，甚至出现牙周的松动，导致患者患牙的松动。
3、一些正畸治疗过程中，患者的牙根还可能会出现损伤，随着时间的发展，牙根有可能会出现吸收。有些患者常规的治疗，并不能解决牙齿弯曲的问题，所以需要永久的牙齿矫正，这种情况佩戴可能会持续很长的时间。