眼睛部位长扁平疣的话，那么我们也要注意采取科学的治疗用药，可以口服乌罗托品，或者是采取中医治疗方法，用紫蓝方酒浸外搽，能够有效的解决扁平疣问题产生的影响。
1、用药治疗
对数目较多，经久不愈者可口服乌罗托品，0.3～0.6g/次，3次/d，或氧化镁，0.5g/次，3次/d，可试用α、γ-干扰素、聚肌胞、土贝母等肌肉注射。局部可外用0.5%酞丁安擦剂、干扰素α-2b涂膜剂、1%喷昔洛韦霜、0.025%维A酸(维甲酸)霜等。颜面部慎用激光、冷冻治疗，也不用腐蚀性强的药物，以防色沉斑、瘢痕形成，影响美容。手背部可选用各种物理疗法(同寻常疣)。
2、中医疗法：参照寻常疣。
局部治疗：中医外治可用紫蓝方(见寻常疣全身疗法)酒浸外搽或用雄黄解毒散15g加入百部酒60m1外用。亦可用黑色拔膏棍，加温外贴，5～6天换1次，或用鸦胆子仁捣碎外敷(注意保护周围皮肤)，亦可用木贼、香附、板蓝根、山豆根各30g，煎水泡洗患部。
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3、食疗方：
取青壳鸭蛋7只。浸泡米醋中5--7天后，每日煮食(生食更好)1只。4--5天后，扁平疣患部皮肤潮红，连续食用至痊愈。
用绿豆、薏苡仁等量。先将绿豆水煮，沸后煮片刻，将薏苡仁倒入同煮为粥。每晚睡前食用。可以逐渐的治愈扁平疣。
取薏米仁50克。煮粥，加白糖15克食之。每日1--2次。可长期食用。
取桑叶、菊花、连翘、薄荷、桂枝、杏仁、牛蒡子、生地、玄参、蝉衣、银花各10克，生草5克，每日1剂，水煎，分两次内服，2周至1个月为一个疗程。病久者选用生牡蛎30克，丹参、鸡血藤、玄参各15克，当归、红花、紫草、赤芍、川芍、白蒺藜、三棱、莪术各10克。每日1剂，水煎，分两次内服，长期的服用，可以使扁平疣疣体萎缩，然后彻底