肛门上长痘痘可能是湿疹、肛周脓肿、尖锐湿疣等，治疗的时候需要针对病因。
1、湿疹：湿疹一般是真菌感染所引起，肛门周围会有丘疹，从外观上看上去比较像痘痘，伴有瘙痒和局部疼痛症状，可以在医生指导下适当使用氯雷他定片、红霉素软膏、地奈德乳膏等。
2、肛周脓肿：肛周脓肿一般是感染引起，会向肛门周围扩散，局部形成硬块之后会像痘痘一样，大多数无法自愈，脓肿已经形成之后可以由专业医生行脓肿切开引流术治疗。
3、尖锐湿疣：尖锐湿疣一般是病毒感染引起，和不洁的性生活有一定关系，导致肛门周围有赘生物，还会伴有瘙痒和其他不适感，可以医生指导下选择激光、冷冻法、电灼法等治疗。
肛门长痘痘除以上原因之外，还有可能是痔疮、肛瘘等。