间充质干细胞的副作用有免疫力下降、头痛、体温上升等，也会给自身的健康造成一定的伤害。
1、免疫力下降：长期饮食不均衡有可能会出现免疫细胞受损，还会出现免疫力低下，而且也会感觉到浑身乏力。
2、头痛：身体比较敏感人群在使用之后，有可能会对神经系统造成刺激，会导致或者出现头痛或者是头晕。
3、体温上升：操作方法不正确，有的人也会出现体温上升，可能会导致皮肤发热。
除此之外，也会导致面部出现潮红等现象，一般在两个小时就能够逐渐的消失，必要时还需要及时的告知医生，能防止自身的健康受到伤害。