男性先天性生殖器畸形有可能会遗传，但是遗传的概率相对来说会比较低。
先天性生殖器畸形有可能是基因突变的因素所导致，在体内出现致病的基因之后就有可能会遗传给孩子，也会导致孩子出现有致病基因携带的情况，所以会产生遗传的概率。但是先天性的生殖器畸形也不排除是在怀孕期间母亲长时间接触电离辐射，或者是服用了某些激素的药物所导致，这种情况下一般是不会导致遗传的，所以不需要过度担心。
先天性生殖器畸形需要通过手术的方法来做治疗，才能帮助疾病得到有效的改善。