肺真菌病的治疗包括抗生素药物的应用去除诱发因素提高全身抵抗力等，需要手术的不多。
偏方一
可参照说明书的适用范围，灵活选择。双黄连口服液，每次2支，每日3次，口服。或鱼腥草注射液每次50-100ml，每日2次，静滴。
偏方二
可用下方：双花20g，连翘10g，黄芩10g，黄连10g，芦根10g，土茯苓10g，浙贝母10g。有高热者可加生石膏100g，生地20g。每日1剂，水煎服。
青霉素治疗肺真菌病有效，早期确诊治疗适当的可以痊愈因病变区有纤维瘢痕组织，血供差，需长期治疗(疗程1～3个月，甚至更长至病灶痊愈)，此外可合用磺胺类药及碘化钾，链霉素、氯霉素也有效。