胎儿三个月停止发育原因是胚胎发育不良、孕酮偏低、环境因素等原因引起。
1、胚胎发育不良：胎儿三个月停止发育，有可能是因为精子和卵子质量比较差，在受孕后会直接影响胎儿生长和发育。
2、孕酮偏低：胎儿三个月停止发育，有可能是因为怀孕期间孕酮数值偏低引起，可能会引起先兆性流产，还会伴随着胚胎停止发育、腹痛、流血等症状。
3、环境因素：胎儿三个月停止发育有可能是长时间接触化学物质和放射性物质引起，在停止发育之后，需要及时通过刮宫手术来终止妊娠。