布拉氏酵母菌散通常是比较安全的，一般不会造成明显的不良反应，副作用发生的几率很低。
布拉氏酵母菌散是一种比较常见的药物，其药物活性成分主要是冻干布拉氏酵母菌，有调节肠道菌群的作用，对于肠道有益菌失调所引起的腹泻以及普通儿童或成人腹泻，均有比较好的治疗效果，临床上并没有跟布拉氏酵母菌散有毒性的相关报道，所以是一种安全性比较高的药物。
对该药物活性成分过敏的人禁止使用，防止用药期间出现过敏反应，另外，因为该药物中含有活性成分，所以不能用50度以上的热水冲服。