黄连素的副作用有可能会导致恶心呕吐的症状，也可能会导致过敏。
黄连素大部分人群在服用之后并不会出现不良反应或者副作用，只有极少数的人群在服用之后有可能会对胃肠道产生刺激，从而导致的恶心、呕吐和食欲不振，并伴有消化不良和腹部疼痛。同时在服用之后还可能会对皮肤造成刺激，会引起过敏性的荨麻疹或者是过敏性的湿疹，会造成皮肤上面出现充血或者水肿的状态。
一旦出现副作用之后，必须要立即停止使用药物，大部分人群在停药之后不良反应就会消失。