汉代张仲景在《伤寒论》方中就多次选用黄连治疗“急、慢性胃肠炎”。
一、1.如治疗急性胃肠炎发热，呕吐腹泻的葛根芩连汤；葛根芩连加半夏生姜汤。2.治疗腹中痛，欲呕吐者的黄连汤( 炒黄连、炮姜、炙甘草、桂枝，人参，半夏，大枣)。3.治疗“胃炎”心下痞满，按之则痛的小陷胸汤(半夏，瓜蒌，黄连)。4.治疗上热下寒，食入则吐的干姜黄芩黄连人参汤( 干姜 6克，黄芩 6克，黄连 6克，人参 6克)。5.治疗心下痞满，呕吐腹泻的五个泻心汤(半夏泻心汤，生姜泻心汤，甘草泻心汤，大黄黄连泻心汤，附子泻心汤。)
二、治疗湿热困阻中焦，或肝火犯胃，腹痛腹泻。1.如王氏连朴饮( 厚朴6克，川连姜汁炒、石菖蒲、制半夏各3克，香豉炒、焦栀各9克，芦根60克。王孟英《霍乱论》），治疗湿热俱盛，蕴蒸气分，郁阻中焦之证：腹痛痞满，呕吐不纳，舌白或黄，手扪之糙，渴不引饮，大便泄泻，小便不利，或赤而短等症。2.治疗肝火犯胃，脘胁疼痛，口苦嘈杂，呕吐酸水，不喜热饮。方如左金丸(黄连18克，吴茱萸3克)。 3.用于治疗肝火犯胃，肝胃不和所致的胃脘灼热疼痛，口苦嘈杂、呕吐吞酸，腹痛泄泻等。方如戊己丸(黄连15克，吴茱萸3克，白芍15克。)4.治疗胃肠湿热，肠炎腹痛腹泻。方如香连丸(木香12克，黄连10克。)
三、黄连还能泻火安神治失眠，1.如《伤寒论》中的黄连阿胶汤用于治疗心肾不足，阴虚火旺较重的心烦失眠，舌红苔燥，脉细数者。黄连阿胶汤，由黄连、阿胶、黄芩、白芍、鸡子黄组成。2.治疗心肾不交，怔忡无寐。方如交泰丸(《韩氏医通》)由黄连20克，肉桂2克组成。
四、治疗阴虚火旺盗汗，方如当归六黄汤(由组成:当归15克，生地黄15克， 熟地黄15克，黄芩10克， 黄柏10克， 黄连10克，黄芪30克。)功能滋阴泻火，固表止汗。
五、用于治疗大热烦躁，口燥咽干，错语，不眠等症状，或外科痈疡疔毒。方如黄连解毒汤(《外台秘要》引崔氏方) 由黄连10克，黄柏10克，黄芩10克，栀子10克组成。
黄连功能清热燥湿，泻火解毒，为治疗胃肠炎首选。黄连以四川省雅安产质量为优，故处方中常写川连或雅连。
《神农本草经》上经 黄连味苦寒。主热气，目痛，眦伤，泣出，明目（御览引云，主茎伤，大观本，无），肠澼，腹痛，下利，妇人阴中肿痛。久服，令人不忘。一名王连。生川谷。
案广雅云：王连，黄连也；范子计然云：黄连出蜀郡，黄肥坚者善。