过氧乙酸通常被用作消毒剂，尤其在医疗和食品加工行业中。它具有强氧化性，能够有效杀灭细菌、病毒和真菌等微生物。
过氧乙酸的消毒效果主要得益于其强氧化作用，能够破坏微生物的细胞壁和细胞膜，进而导致细胞内物质的泄漏和细胞死亡。在实际应用中，过氧乙酸常与其他消毒剂如次氯酸钠、碘伏和乙醇等配合使用，以增强消毒效果。需要注意的是，过氧乙酸具有一定的腐蚀性和刺激性，使用时应严格按照说明书或医生指导进行稀释和操作，避免直接接触皮肤和黏膜。
在使用过氧乙酸进行消毒时，应选择合适的浓度和作用时间，以确保消毒效果。同时，应注意个人防护，避免吸入过氧乙酸蒸气或接触到皮肤和眼睛。对于敏感人群，如孕妇、哺乳期妇女和儿童，应谨慎使用或在医生指导下使用。