男性生殖器上长小痘痘可能是由毛囊炎、皮脂腺囊肿或生殖器疱疹等原因引起的，建议及时就医，根据原因做针对性的改善。
1.毛囊炎：毛囊炎是由于细菌感染毛囊引起的炎症反应，表现为局部红肿、疼痛和脓疱。治疗毛囊炎可使用抗生素软膏如红霉素软膏、氯霉素软膏等外用药物，必要时口服头孢类抗生素如头孢克洛、头孢拉定等。
2.皮脂腺囊肿：皮脂腺囊肿是由于皮脂腺导管堵塞导致皮脂分泌物积聚形成的囊肿，表现为无痛性肿块。治疗皮脂腺囊肿可使用鱼石脂软膏、复方硫黄乳膏等外用药物，必要时需手术切除。
3.生殖器疱疹：生殖器疱疹是由单纯疱疹病毒感染引起的性传播疾病，表现为局部疼痛性水疱。治疗生殖器疱疹可使用抗病毒药物如阿昔洛韦、伐昔洛韦、泛昔洛韦等，同时使用外用药物如阿昔洛韦乳膏等。
平时注意生殖器卫生，避免不洁性行为，出现异常情况及时就医。