阴茎根部疼痛可能是由于局部皮肤刺激、尿道感染或前列腺炎等原因引起的，建议及时就医，根据原因做针对性的改善。
1.局部皮肤刺激：由于内裤过紧、摩擦或过敏等原因，可能导致阴茎根部皮肤出现红肿和疼痛。治疗方法包括更换宽松舒适的内裤，保持局部清洁干燥，必要时可使用外用抗炎药膏如氢化可的松、地塞米松或氟轻松等。
2.尿道感染：细菌、病毒等微生物侵入尿道，引起尿道黏膜充血、水肿，导致阴茎根部疼痛。常用抗生素如头孢克肟、左氧氟沙星或阿奇霉素等，需遵医嘱用药，同时多饮水，保持排尿通畅。
3.前列腺炎：前列腺充血、水肿或炎症，压迫周围组织，引起阴茎根部疼痛。治疗方法包括口服非甾体抗炎药如布洛芬、双氯芬酸钠等，必要时可使用α受体拮抗剂如特拉唑嗪、阿罗洛尔等，需在医生指导下用药。
除以上原因外，还可能与性传播疾病、阴茎硬结症等因素有关。平时注意个人卫生，避免不洁性行为，如疼痛持续不缓解，应及时就医检查，明确病因，对症治疗。