通常，益生菌的正确服用方法是在餐后半小时内服用，并用温开水送服。这样的服用时间可以减少胃酸对益生菌活性的影响，提高其到达肠道的存活率。
益生菌的活性受温度和胃酸的影响较大，因此建议在餐后服用，此时胃酸分泌减少，有利于益生菌顺利通过胃部到达肠道。同时，使用温开水而不是热水或冷水，可以避免过高或过低的温度破坏益生菌的活性。此外，益生菌的剂量也应按照产品说明或医生的建议来确定，过量或不足都可能影响效果。
对于益生菌的服用，日常建议注意保持饮食均衡，增加富含膳食纤维的食物摄入，以促进肠道健康。若在服用益生菌期间出现不适或症状未改善，应及时咨询医生，并在医生指导下调整用药方案，不可自行盲目增减剂量或更换产品。