通常来说，生蒜的杀菌作用可能更强一些。生蒜中含有较多的活性成分，如大蒜素等，这些成分在生蒜中含量较高，具有较强的抗菌和杀菌作用。相比之下，糖蒜在腌制过程中，部分活性成分会有所损失，导致其杀菌效果相对较弱。
大蒜素等活性成分对多种细菌、真菌和病毒都有一定的抑制和杀灭作用。生蒜中的这些成分在接触空气后会迅速释放，因此建议将生蒜捣碎或切片后食用，以充分发挥其杀菌效果。此外，生蒜还具有抗氧化、抗炎等多种健康益处。
对于日常饮食而言，适量食用生蒜有助于增强免疫力。若出现感染症状，应及时就医，在医生指导下合理用药，切勿自行盲目用药。