男性生殖器长肉疙瘩可能是毛囊炎、尖锐湿疣或生殖器疱疹等原因引起的，建议及时就医，根据原因做针对性的改善。
1. 毛囊炎：由于皮肤毛囊受到细菌感染，如金黄色葡萄球菌或表皮葡萄球菌，导致局部红肿、疼痛，可使用抗生素软膏如红霉素软膏、氯霉素软膏等外用，必要时口服头孢类抗生素如头孢克洛、头孢拉定等，应在医生指导下用药。
2. 尖锐湿疣：由人乳头瘤病毒（HPV）感染引起，表现为生殖器部位出现菜花状、乳头状肉疙瘩，可使用外用药物如鬼臼毒素酊、咪喹莫特乳膏等，必要时进行冷冻、激光等物理治疗，遵医嘱用药。
3. 生殖器疱疹：由单纯疱疹病毒（HSV）感染引起，表现为外生殖器部位出现簇集性水疱、糜烂，可使用抗病毒药物如阿昔洛韦、伐昔洛韦、泛昔洛韦等口服，局部可外用阿昔洛韦乳膏，应在医生指导下用药。
除以上原因外，还可能与过敏、皮肤病变等因素有关，平时注意生殖器卫生，避免不洁性行为，出现异常应及时就医检查。