一般来说，萝卜长芽子后仍然可以食用。萝卜发芽后，其内部营养成分会有所减少，但不会立即产生有害物质。发芽的萝卜口感可能会有所变化，变得较为苦涩，但仍然可以食用。
发芽的萝卜中，维生素C和糖分会有所下降，而芥子油苷的含量可能会增加，导致辛辣味增强。在食用时，可以选择将发芽部分切除，以减少苦涩味。常见的处理方法是将发芽的萝卜切片或切丝，与肉类一同烹饪，或者制作成腌制品。例如，可以将发芽的萝卜与胡萝卜、芹菜一起炖煮，或者与生姜、大蒜一起腌制。在烹饪过程中，可以适量加入食盐、食醋等调料，以改善口感。需要注意的是，对于发芽严重的萝卜，应谨慎食用，以免摄入过多芥子油苷，引起不适。
在食用发芽的萝卜时，应确保其没有发霉或变质。如果发现萝卜表面有霉斑、异味或质地软化，建议不要食用。