指甲盖凹凸不平有小坑可能是指甲营养不良、指甲真菌感染或指甲银屑病等原因引起的，建议及时就医，根据原因做针对性的改善。
1.指甲营养不良长期缺乏蛋白质、铁、锌等微量元素可能导致指甲生长异常，表现为凹凸不平。改善方法包括增加富含蛋白质的食物摄入，如瘦肉、鸡蛋、豆类等，必要时可在医生指导下补充铁剂、锌剂等。
2.指甲真菌感染真菌侵犯甲板引起甲癣，表现为甲板变厚、变色、凹凸不平。治疗可外用抗真菌药物如酮康唑乳膏、盐酸特比萘芬乳膏、克霉唑乳膏等，严重者需口服抗真菌药如伊曲康唑、特比萘芬等，需遵医嘱用药。
3.指甲银屑病是一种免疫相关的皮肤病，可累及指甲，表现为甲板点状凹陷、增厚等。治疗需在医生指导下使用外用激素药膏如氢化可的松、倍他米松等，必要时口服免疫抑制剂如甲氨蝶呤、环孢素等，需定期复查监测。
除以上原因外，还可能与长期接触化学物质、外伤等因素有关。平时注意保护指甲，避免长时间接触水和化学制剂，出现异常及时就医。