同房后下面疼，小便也会疼可能是由于局部摩擦损伤、尿道感染或性传播疾病等原因引起的，建议及时就医，根据原因做针对性的改善。
1. 局部摩擦损伤在性行为过程中，如果动作过于剧烈或润滑不足，可能导致生殖器官局部皮肤或黏膜受到摩擦损伤，从而引起疼痛。对于这种情况，可以使用局部冷敷或涂抹消炎止痛药膏，如复方利多卡因乳膏、醋酸地塞米松乳膏和红霉素软膏等，以减轻疼痛和炎症。
2. 尿道感染性行为后出现尿道疼痛，可能是由于细菌、病毒等微生物引起的尿道感染。对于尿道感染，需要使用抗生素进行治疗，如头孢克肟、左氧氟沙星和阿奇霉素等，同时多饮水，增加尿量，有助于冲洗尿道，减轻症状。
3. 性传播疾病部分性传播疾病，如淋病、衣原体感染等，也可能导致性行为后出现疼痛。对于性传播疾病，需要使用针对性的抗生素进行治疗，如大观霉素、阿奇霉素和多西环素等，同时性伴侣也需要一同检查和治疗，避免交叉感染。
除以上原因外，还可能与生殖器官炎症、结石等因素有关。日常生活中要注意个人卫生，避免不洁性行为，出现症状应及时就医，遵医嘱进行治疗。