洋葱发芽后通常还是可以食用的。发芽的洋葱只是营养价值有所下降，口感可能不如新鲜洋葱那么脆嫩，但并不会产生有毒物质。在发芽过程中，洋葱内部的糖分会转化为淀粉，使得洋葱变得不那么甜，而且水分减少，口感可能会变得较为干硬。
发芽洋葱在食用前，建议切去发芽部分，因为发芽部分可能会吸收洋葱内部的养分，导致其他部分营养流失。常见的洋葱处理方法包括使用醋酸、柠檬酸等酸性物质来抑制发芽，或者将洋葱置于干燥、通风的环境中储存。在烹饪时，可以选择使用大蒜素、洋葱油和硫化丙烯等成分丰富的洋葱品种，以保证菜肴的风味。
对于发芽洋葱，如果发芽部分不多，且洋葱没有发霉或变质的迹象，可以正常食用。但如果发芽部分较多，或者洋葱表面有发霉的迹象，建议不要食用，以免影响健康。