左旋肉碱在正常使用情况下可能存在一定的副作用，但通常较为轻微且因人而异。其安全性主要取决于使用剂量和个人体质，合理使用可减少不良反应的发生风险。
左旋肉碱常见的副作用包括胃肠道不适。部分人在服用后可能出现恶心、呕吐、腹痛或腹泻等症状，这与左旋肉碱对消化道的刺激作用有关。这些症状多发生于空腹服用或剂量过大时，调整用药时间和减少剂量通常可缓解。个别使用者可能出现体味改变，这是由于左旋肉碱代谢产物三甲胺通过汗液排出所致，通常在停药后会逐渐消失。
过敏反应虽较为少见，但敏感体质者可能出现皮疹、皮肤瘙痒等表现。长期大剂量服用可能影响甲状腺功能，有研究显示过量摄入可能干扰甲状腺激素代谢。肾功能不全者需谨慎使用，因该物质主要经肾脏排泄，可能加重肾脏负担。
建议在使用前咨询专业医师，特别是存在基础疾病或正在服用其他药物者。日常应选择正规渠道购买合格产品，避免超剂量使用。若出现持续性头痛、心悸或其他异常反应，应立即停用并及时就医。孕妇、哺乳期妇女及儿童等特殊人群使用前应严格遵循医嘱。