玉米发芽后如果没有霉变，通常可以继续食用，但口感和营养价值可能有所下降。若出现霉变或腐烂则不能食用，建议及时处理。
玉米发芽是其在适宜温度和湿度条件下的自然现象。若玉米仅出现发芽而未伴随霉斑、异味或质地变软，通常说明未滋生有害物质，去除发芽部分后经充分加热可以食用。但发芽过程会消耗部分糖分和淀粉，导致甜味减弱、口感变硬，同时部分B族维生素含量可能升高。
需要注意的是，发芽环境若湿度较高容易引发霉变。玉米一旦出现绿色、黑色霉斑或产生刺鼻霉味，表明可能污染了黄曲霉等有害霉菌。这类霉菌产生的黄曲霉毒素耐高温且具有强致癌性，即便切除霉变部分也难以完全去除毒素，此类玉米必须丢弃不可食用。
日常储存玉米时应置于阴凉通风处，也可密封后冷藏保存。购买时选择外叶翠绿、穗柄新鲜的玉米，并在保质期内尽快食用。若误食霉变玉米后出现腹痛、呕吐等不适症状，建议及时就医进行专业处理。