柠檬一般可以直接吃，但需注意适量及食用方法。由于柠檬酸度较高，过量食用可能刺激口腔或胃黏膜，建议根据自身情况调整摄入量。
柠檬含有丰富的维生素C、柠檬酸等成分，适量食用可以促进消化液分泌，帮助增进食欲。但柠檬汁的pH值较低，直接啃食果肉可能导致牙釉质表面矿物质暂时性流失，长期如此可能增加牙齿敏感风险。对于健康人群，偶尔少量直接吃柠檬通常不会造成明显伤害。
胃肠功能较弱者或存在胃食管反流疾病的人群，直接吃柠檬可能刺激胃黏膜，引发反酸、烧心等不适症状。这类人群可将柠檬切片后兑水稀释饮用，或添加适量蜂蜜调节酸度。食用后建议用清水漱口，减少酸性物质在口腔的残留。
柠檬的表皮可能存在农药残留或保鲜剂，直接食用前需用流水冲洗并用软刷轻擦表面。若对柠檬有过敏史者，应避免接触或食用。日常饮食中可将柠檬作为调味品搭配其他食物，既能增加风味，又能减少对消化道的直接刺激。