干莲子通常不建议直接生吃。生莲子外层的种皮较为坚硬，直接食用可能增加消化负担，部分人群可能因生莲子中的生物碱类物质引发轻微胃肠道不适。此外，干莲子在晾晒或储存过程中可能沾染灰尘或微生物，直接生吃存在卫生隐患。
莲子的淀粉含量较高，未经充分加热糊化的淀粉结构不利于人体消化吸收。生莲子中含有的莲心碱等成分可能带来轻微的苦味，过量摄入可能刺激口腔或消化道黏膜。部分对莲子过敏的人群直接食用可能诱发皮肤瘙痒、腹痛等过敏反应。
建议将干莲子清洗后充分煮熟或炖汤食用，高温加热能软化纤维、分解部分生物碱，更利于营养吸收。若误食生莲子后出现腹痛、腹泻等不适症状，应及时就医检查。日常食用莲子时可根据体质搭配银耳、百合等食材，以增强食疗效果。