脑干血栓能否治好取决于多种因素，如血栓大小、治疗及时性以及患者自身状况等。部分患者经积极治疗可能恢复较好，但可能遗留不同程度的后遗症，需及时就医干预。
脑干血栓的预后与治疗时机密切相关。发病4.5小时内接受静脉溶栓治疗，或6小时内进行血管内取栓术的患者，神经功能缺损可能显著改善。若错过最佳治疗时间窗，脑细胞因缺血缺氧发生不可逆损伤，治疗效果将明显受限。血栓体积直接影响预后，直径小于1cm的局限性血栓经规范治疗可能完全再通，而累及基底动脉全段的大面积血栓常导致意识障碍、肢体瘫痪等严重症状。
患者年龄与基础疾病对恢复有重要影响。60岁以下无高血压、糖尿病等基础病的患者，经三个月规范康复训练后，生活自理能力恢复率可达65%以上。合并肺部感染、消化道出血等并发症时，会延长住院周期并影响神经功能恢复。康复治疗的规范程度也至关重要，包括物理治疗、言语训练及针灸等综合干预措施。
发病后应立即送往具备卒中中心的医院救治，在神经内科医生指导下完善头颅MRI、CTA等检查。恢复期需在康复医师指导下进行吞咽功能训练、平衡能力锻炼等系统性康复。定期复查血脂、血糖等指标，遵医嘱服用抗血小板药物预防复发。保持积极治疗心态有助于神经功能重塑。