酵素作为膳食补充剂，其副作用通常与产品成分、使用剂量及个人体质有关，合理使用时多数人群可能不会出现明显副作用。若过量使用或选择不当，可能引发肠胃不适等反应。
酵素产品中的成分差异较大，部分产品可能含有添加剂或某些特定酶类。对于敏感体质人群，可能因过敏反应出现皮疹、瘙痒等症状。此外，部分酵素中添加的膳食纤维或促进肠道蠕动的成分，可能引起腹泻、腹胀等消化道症状。若长期过量服用，可能干扰人体自身消化酶的正常分泌功能。
不同个体对酵素的耐受程度存在差异。婴幼儿、孕妇及消化系统疾病患者等特殊人群，使用后出现不良反应的风险相对较高。某些酵素产品与特定药物可能存在相互作用，如抗凝血药物等，可能影响药效或增加出血风险。
选择正规渠道生产的合格产品，并严格按照推荐剂量服用可降低风险。服用期间如出现持续腹痛、过敏反应等异常表现，应及时停用并就医评估。对于慢性疾病患者或正在服药者，使用前建议咨询医师或营养师的专业意见。