菖蒲作为一味传统中药材，一般具有开窍醒神、化湿和胃、宁神益智等功效，但存在孕妇慎用、阴虚阳亢者禁用等禁忌。需注意其可能引起的不良反应，具体使用应遵医嘱。
1、开窍醒神
菖蒲辛温走窜的特性有助于通利九窍，其挥发油成分可作用于中枢神经系统，传统医学常用于痰蒙心窍所致的神昏谵语、癫痫发作等意识障碍症状。
2、化湿和胃
该药材芳香气烈能醒脾，所含挥发性物质可促进消化液分泌，对湿阻中焦引起的脘腹胀满、食欲不振有效。临床常配伍苍术、厚朴等药物，用于治疗夏季暑湿困脾证。
3、宁神益智
菖蒲入心经，其镇静安神作用有助于缓解焦虑、失眠等症状。实验显示其水提物具有调节脑内单胺类神经递质的作用，可能改善认知功能，适用于健忘、多梦等症。
4、孕妇慎用
菖蒲挥发油中含有的细辛醚等成分可能刺激子宫平滑肌，存在引发宫缩的风险。妊娠期女性接触后可能导致胎动不安，特别是孕早期胚胎着床不稳定阶段更需避免使用。
5、阴虚阳亢者禁用
药材温燥之性易助火伤阴，对于潮热盗汗、五心烦热等阴虚内热体质人群，可能加重口干舌燥、头晕耳鸣等症状。高血压患者出现面红目赤等肝阳上亢表现时亦不适用。
菖蒲包括水菖蒲和石菖蒲等不同品种，药用部位及有效成分存在差异。使用前需经专业中医师辨证，避免与麻黄、肉桂等温燥药物同用。出现口唇麻木、恶心呕吐等中毒症状时，应立即停用并就医处理。药材煎煮时间不宜过长，建议后下以保留有效成分。