红萝卜长芽根一般不建议食用。发芽的红萝卜根可能会产生一些不利于健康的物质，如生物碱等，长期食用可能对健康造成影响。
发芽的红萝卜根中，生物碱含量可能会增加，如茄碱、龙葵碱等，这些物质在体内积累过多时可能引起不适。此外，发芽的红萝卜根口感和营养价值也会有所下降。在处理发芽的红萝卜时，应将发芽部分及周围一定范围的组织切除，以减少生物碱的摄入。常见的生物碱类物质还包括马铃薯中的茄碱和番茄中的番茄碱，这些物质在植物发芽或未成熟时含量较高，食用时应格外注意。
对于发芽的红萝卜，建议在购买和储存时注意保鲜，避免长时间存放导致发芽。如已发芽，应谨慎处理，必要时可考虑丢弃，以确保食品安全。