叔丁醇对人体存在一定的毒性风险，其危害程度主要与接触途径和剂量相关。通常情况下，短期大剂量或长期反复接触可能引发健康损害，需引起重视。
叔丁醇具有挥发性，其蒸气对眼睛、呼吸道黏膜有明显刺激性，接触后可引发流泪、咳嗽、咽喉灼痛等症状。皮肤直接接触液态叔丁醇可能引起脱脂反应，导致皮肤干燥、皲裂甚至皮炎。该物质还可通过呼吸道或皮肤吸收进入血液循环，过量摄入会抑制中枢神经系统，表现为头晕、嗜睡、共济失调，严重时可能出现意识障碍。长期职业暴露可能对肝脏、肾脏等器官产生潜在损害。
日常使用含叔丁醇的溶剂或工业原料时，应严格遵守操作规程，佩戴防护手套、护目镜及防毒面具。工作场所需保持良好通风，避免皮肤直接接触或吸入蒸气。若发生意外接触，需立即用大量清水冲洗接触部位至少15分钟，出现头痛、恶心等中毒症状时应及时脱离污染环境并就医。家庭存放含该物质的化学品时，需置于儿童无法触及的阴凉处，并明确标注警示信息。