阴茎短的处理方法包括观察等待、药物治疗、手术治疗等，需要根据具体原因和个体情况选择合适的处理方式。
1.观察等待
青春期前的儿童出现阴茎短的情况可能与发育尚未完成有关，此时通常无需特殊处理，建议定期观察阴茎的发育情况。若进入青春期后阴茎仍然短小，则需要进一步检查明确原因。
2.药物治疗
对于激素水平异常引起的阴茎短小，例如睾酮分泌不足，可遵医嘱使用十一酸睾酮胶丸、注射用绒促性素、重组人生长激素注射液等药物补充激素，促进阴茎发育。但需注意药物可能存在肝功能损伤、骨骺提前闭合等副作用，需严格在医生指导下使用。
3.手术治疗
对于隐匿阴茎、蹼状阴茎等器质性病变或成年后阴茎长度显著低于正常范围者，可考虑进行阴茎延长术、阴茎显露术等外科手术。但手术存在感染、出血、神经损伤等风险，需由专业医生评估后实施。
阴茎长度受遗传、激素、体脂率等多因素影响，若存在排尿困难、勃起功能障碍或明显影响心理健康，建议及时到泌尿外科或男科就诊。避免自行服用激素类药物，以免干扰内分泌系统。对于成年后阴茎已停止发育且无器质性疾病者，应正确认识个体差异，必要时通过伴侣沟通或性技巧改善性生活体验。