发芽的马铃薯一般不建议食用。其发芽部位及周围可能含有较高浓度的龙葵素，这种毒素在高温下也难以完全分解，可能引发食物中毒。
马铃薯发芽后，芽眼及周围区域的龙葵素含量会显著升高。龙葵素是一种有毒的生物碱，人体摄入0.2-0.4克就可能引起中毒反应，表现为口腔灼热、恶心呕吐、腹痛腹泻等症状。毒素在常规蒸煮温度下不易被破坏，削去发芽部分也难以确保完全去除毒素。若发芽范围较大或伴有表皮变绿的情况，毒素可能已扩散至整个块茎，此时食用风险更高。
发芽过程中马铃薯的淀粉会转化为供芽生长的糖类物质，导致块茎质地变软、口感发涩，原有的营养成分也会大量流失。虽然轻微发芽的马铃薯经彻底挖除芽眼及周边组织后，高温油炸可能降低部分毒性，但仍存在健康隐患。
建议发现马铃薯发芽后及时丢弃，避免因小失大。若必须食用发芽马铃薯，需切除芽眼周围至少1厘米厚的组织，去皮后浸泡半小时以上，并采用油炸或醋溜等高温烹饪方式。食用后若出现舌头发麻、胃部不适等情况，应立即催吐并就医。日常储存马铃薯应置于阴凉通风处，避免阳光直射导致表皮变绿。