不同菌株的益生菌功效通常存在较大差异，具体效果与菌株特异性、作用机制及适应症有关。例如，鼠李糖乳杆菌和双歧杆菌的作用范围不同，临床研究支持的功效也存在区别。
菌株种类直接影响益生菌的功效。不同属、种的益生菌在肠道中定植能力和代谢产物不同，例如乳杆菌属主要调节肠道pH值，而双歧杆菌属更擅长合成B族维生素。即便是同种菌株，如罗伊氏乳杆菌DSM17938和鼠李糖乳杆菌GG株，前者侧重缓解婴儿肠痉挛，后者则对改善过敏体质更有效。
作用机制的差异也会导致功效分化。某些菌株通过分泌短链脂肪酸抑制致病菌生长，另一些则通过激活免疫细胞发挥作用。如嗜酸乳杆菌NCFM通过刺激肠道分泌IgA增强局部免疫。
研究数据支持的力度不同。目前仅有约30%的益生菌菌株经过严格临床试验验证，如植物乳杆菌299v改善肠易激综合征的研究证据充分，而部分菌株的功效主要基于体外实验或动物研究。
选择益生菌时应关注产品标注的菌株编号，如LactobacillusrhamnosusGG中的"GG"标识。建议根据具体健康需求，在医生或营养师指导下选择经过临床验证的菌株制剂，并注意低温保存等使用要求。若使用后出现腹胀等不适，应及时停用并咨询专业人员。