益智仁长期服用可能会产生一定的副作用，但具体是否出现与个人体质、用药剂量等因素有关。该药物需在医生指导下合理使用，避免自行长期服用。
益智仁属于温性中药，长期过量服用可能导致消化系统不适，如胃脘胀满、食欲下降等。其辛温特性可能加重体内燥热，部分人群会出现口干舌燥、便秘等上火症状。对于肝肾代谢功能较弱者，长期大剂量使用可能增加器官代谢负担，但这种情况通常与用药不当有关。
使用益智仁时应严格遵循医嘱控制用药时长，体质偏热或有实热证候者需慎用。服药期间如出现恶心、皮疹等异常反应，应及时停用并就诊。建议定期进行中医体质辨识，根据体质变化调整用药方案，避免将中药材当作普通保健品长期使用。