远志筒和远志根的药效差异通常不大，但远志筒因经过炮制可能更适合特定用途。两者的药效主要与其炮制方法和药用部位相关，需根据具体病情和体质选择。
远志筒是远志的干燥根皮，经过去芯和炮制处理。传统认为去芯可减少对咽喉的刺激性，同时增强安神益智的功效。远志根若未去芯可能保留木心部分，中医认为木心可能影响药效发挥，但现代研究显示其有效成分如皂苷类物质在根皮中含量较高。炮制过程如蜜炙或甘草水制可进一步调整药效，例如蜜炙远志更偏重化痰作用，生品则更长于安神。
临床使用时需根据病症特点选择。失眠健忘多选用制远志筒，取其宁心安神之效；咳嗽痰多则可用蜜炙制品。建议在中医师指导下根据具体证型选用，确保安全有效。