燕窝中的蛋白质在人体内的吸收率相对较低。燕窝所含的蛋白质主要为表皮生长因子样活性蛋白及胶原蛋白成分，其分子结构复杂且含较多二硫键，可能影响消化酶对其分解的效率。相较于鸡蛋、牛奶等优质蛋白，燕窝并非理想的蛋白质补充来源。
人体对蛋白质的吸收需经过胃酸和胰蛋白酶的分解，将大分子蛋白质转化为小分子肽链或氨基酸后才能被小肠吸收。燕窝蛋白质中部分成分属于大分子糖蛋白，这类结构可能增加消化难度。此外，燕窝的蛋白质氨基酸组成比例与人体需求存在差异，缺乏色氨酸等必需氨基酸，进一步降低其生物利用率。
若希望通过饮食补充蛋白质，建议优先选择乳制品、豆类或瘦肉等来源。燕窝中的唾液酸等成分虽可能对黏膜修复有一定作用，但日常食用需注意控制量，避免过量摄入糖分。对蛋白质需求较高的人群，应在医生或营养师指导下制定科学膳食方案。