金针菇与药物之间通常没有直接的冲突，但在服用某些特定药物时需注意可能的相互作用。日常适量食用金针菇一般不会影响药物疗效，但若涉及抗凝血药、消化系统药物或免疫抑制剂时需谨慎。
金针菇富含膳食纤维和维生素，可能延缓胃排空速度，从而影响部分口服药物的吸收。例如，奥美拉唑肠溶片、铝碳酸镁咀嚼片等消化系统药物若与金针菇同时大量食用，可能降低药效。对于华法林钠片等抗凝药物，金针菇中含有的维生素K可能拮抗其抗凝作用，建议保持稳定的摄入量。此外，服用环孢素软胶囊等免疫抑制剂期间，虽然目前尚无明确证据显示金针菇会干扰药效，但仍建议保持饮食规律性。
建议服药期间保持饮食结构稳定，避免一次性摄入过多金针菇。若需长期服用上述特殊药物，可在用药前咨询医生或药师，明确食物与药物的相互作用风险。服用药物与食用金针菇最好间隔1-2小时，以降低可能存在的相互影响。