腐乳在正规生产条件下发酵一般不会产生致癌物，但需注意适量食用。腐乳的制作主要依靠毛霉等有益霉菌分解大豆蛋白，过程中不会直接生成亚硝胺或黄曲霉毒素等强致癌物。其安全性主要与原料质量、生产工艺及储存条件密切相关。
腐乳发酵过程中，毛霉等菌种主要分解蛋白质和脂肪，产生氨基酸、脂肪酸等风味物质。正规厂家会严格控制菌种纯度和发酵环境，避免杂菌污染，因此不会产生黄曲霉毒素等有害物质。但腐乳含盐量较高，每100克约含3克盐，长期过量摄入可能增加高血压风险。若储存不当导致霉变，可能出现杂菌污染，但这种情况在密封完好的产品中极少发生。
日常食用腐乳建议每次15-20克为宜，约2-3小块。选购时应选择包装完整、生产日期新鲜的产品，开封后需冷藏并在1个月内食用完毕。心血管疾病或肾功能不全者需严格控制摄入量，普通人群适量食用不会致癌。