发芽的地瓜一般建议不要继续食用，存放时间超过2-3天可能出现变质风险。地瓜发芽后虽然不产生类似土豆的龙葵素毒素，但其品质和安全性可能受到影响，建议及时处理。
地瓜发芽会加速内部水分和淀粉的流失，导致营养成分被芽体吸收。随着存放时间延长，芽体生长部位容易滋生霉菌，尤其在潮湿环境下，存放超过48小时可能出现黑斑或腐烂。若发现表皮出现褐色斑点、质地变软或散发霉味，说明已发生腐败，应避免食用。未发芽部分在切除芽体后若保存得当，冷藏可存放2-3天，但口感会明显变差。
建议将地瓜存放在阴凉通风处，温度控制在13-16℃为宜。已发芽的地瓜应及时切除发芽部位及周围2厘米果肉，剩余部分建议当日食用完毕。若储存期间发现异常气味或霉变迹象，应立即丢弃处理。对于消化功能较弱的人群，建议避免食用发芽地瓜，以防引发胃肠不适。