车厘子冷冻后大部分营养成分如膳食纤维、矿物质等不会显著流失，但部分水溶性维生素可能随着冷冻时间延长出现一定程度的减少。
车厘子中的维生素C、B族维生素等水溶性维生素对温度较为敏感，冷冻过程中可能出现少量分解或氧化。果肉细胞在冷冻时形成的冰晶可能破坏细胞结构，导致解冻后口感变软或汁液流失，但矿物质、膳食纤维等成分通常能较好保留。此外，若冷冻时间过长（如超过3个月），营养流失的可能性会随储存时间增加而逐渐升高。
日常储存车厘子时，建议将其密封后放入冰箱冷冻层，并尽量在1-2个月内食用完毕。若更注重口感，可选择冷藏短期保存。冷冻后的车厘子解冻后可直接食用，也可用于制作果酱、甜品等，避免反复解冻和冷冻以减少营养损失。