车厘子果肉发黑可能是正常的氧化现象，也可能是变质的表现，需结合具体情况判断。若果肉仅颜色变深但无异味、质地正常，通常可食用；若伴随异味、发黏或腐烂则可能变质。
车厘子果肉中的多酚类物质接触空气后，在多酚氧化酶作用下会发生褐变反应，导致果肉颜色发黑。这种现象在切开或表皮破损的樱桃中较常见，若果肉未出现明显软化、异味，仍可正常食用。若车厘子保存时间过长或存储环境不当，微生物大量繁殖会导致果肉腐败变质，此时果肉可能呈现不均匀黑斑，质地变软并伴有酸臭、酒精味，甚至出现流汁、发霉等情况。
建议食用前先观察果肉状态，轻微氧化发黑的车厘子可用流水冲洗后尽快食用。若发现果肉发黑范围较大，且伴有异常气味、表皮破损渗液等情况，应避免食用。日常可将车厘子用保鲜盒密封冷藏保存，储存时间不宜超过5天，食用前注意检查是否有霉斑或腐烂迹象。