命门的准确位置一般有骨骼标志，通常位于第二腰椎棘突下的凹陷中。具体定位需结合体表解剖标志进行确认，个体可能存在一定差异。
命门位于后正中线上，第二腰椎棘突下的凹陷处。第二腰椎棘突是重要的骨骼标志，可通过体表触摸进行定位。具体方法为两侧髂嵴最高点连线与后正中线交点处对应第四腰椎棘突，向上数两个棘突即为第二腰椎，其下方凹陷即命门穴所在。由于体型、体态或病理因素影响，部分人群可能存在骨骼标志触摸不清晰的情况，需结合其他体表标志综合判断。
日常进行穴位定位或针灸治疗时，建议由专业中医医师操作，避免自行定位不准确影响效果。若因疾病需长期刺激该穴位，应定期复诊并根据体质调整治疗方案。