命门穴位于腰部后正中线上，第二腰椎棘突下凹陷处。取穴时可选择俯卧位或直立位，保持腰部放松以便准确定位。
常用取穴技巧包括体表标志法和骨度分寸法。体表标志法以两侧髂嵴最高点连线为参考，该连线平第四腰椎棘突，向上触摸两个椎体即可定位第二腰椎棘突，也可通过肚脐水平线对应位置进行辅助判断，该水平线通常平第三腰椎，向上移动一个椎体即为第二腰椎。
取穴时需注意三点操作细节：首先应沿脊柱中线触摸棘突骨性标志，避免偏移至两侧肌肉；其次在体型肥胖者身上可能需加大触摸力度才能感知骨性结构；最后要区分腰椎与胸椎棘突形态差异，腰椎棘突呈水平板状且间隙较窄，与胸椎的叠瓦状排列有明显区别。
建议初次取穴者在专业医师指导下操作，通过实体触诊对比提升定位准确性。临床治疗时针刺深度一般为0.5-1寸，直刺时注意避开脊髓硬膜囊，艾灸治疗需保持适当距离防止烫伤。