命门穴位于人体后正中线上，第二腰椎棘突下方的凹陷处。其解剖学定位可参考两侧髂嵴最高点连线平第四腰椎棘突，由此向上触摸两个椎体棘突即为第二腰椎。该穴位的体表投影约在肚脐正对背部的水平线上。
从解剖学结构分析，命门穴对应的深层组织包括棘上韧带、棘间韧带以及黄韧带。更深处为椎管内的硬脊膜和脊髓马尾神经。穴位周围分布有腰动脉后支与腰静脉后支形成的血管网，以及来自第二腰神经的后支分支。
由于该穴位靠近脊髓中枢，临床操作时需严格掌握进针深度，直刺深度通常不超过1.5厘米。不当深刺可能穿透黄韧带进入椎管，存在损伤硬脊膜及神经组织的风险。现代影像学研究表明，成年男性第二腰椎棘突至硬膜囊的平均距离约为4.3厘米，但存在个体差异。
在临床应用时，建议采用15-30度角斜刺法，朝向头部方向进针0.5-1寸。该区域分布有丰富的本体感觉神经末梢，针刺时可产生明显的酸胀感并向腰骶部放射。操作前应通过触诊确认骨性标志，对于骨质疏松或腰椎退变患者需调整进针角度。