命门位于后正中线上，第二腰椎棘突下凹陷处，约与肚脐相平。在中医理论中，命门作为人体重要穴位，主要与肾脏、生殖系统及骨骼等器官功能相关联，其对应的现代解剖结构涉及以下器官或组织：
1、肾脏
命门被视为肾阳之根本，与肾脏的生理功能密切相关。从解剖位置看，第二腰椎水平对应的腹腔内器官包含肾脏上部，命门穴刺激可通过神经反射影响肾脏血流量及激素分泌。
2、肾上腺
位于双侧肾脏上方的肾上腺，其分泌的皮质激素、肾上腺素等物质，与中医“命门火”温煦全身、调控代谢的功能存在关联性。
3、生殖器官
命门通过督脉与胞宫（子宫）、精室（睾丸、附睾）相连，其功能强弱直接影响生殖能力。现代研究显示，刺激该区域可调节性腺激素水平。
4、脊髓及神经
命门穴深部对应第二腰椎水平的脊髓节段，此处发出的神经参与调控下肢运动、膀胱功能及盆腔脏器活动。
日常可通过适度按摩命门穴缓解腰酸、畏寒等症状，但若出现严重功能障碍，建议在中医师指导下进行艾灸或针灸治疗。需注意命门作为中医概念，其对应关系侧重于功能联系而非直接解剖定位。