反式脂肪酸对健康确实存在一定危害，长期过量摄入可能增加多种疾病风险。但天然存在的少量反式脂肪酸与工业生产的反式脂肪酸在健康影响上存在差异，需具体分析。
反式脂肪酸主要通过干扰脂质代谢损害健康。工业生产的氢化植物油中含有的反式脂肪酸会升高低密度脂蛋白胆固醇，同时降低高密度脂蛋白胆固醇，这种双向作用显著增加动脉粥样硬化风险。流行病学研究显示，每日摄入反式脂肪酸超过总热量2%时，冠心病风险增加23%。此外，这类脂肪酸可能通过诱发胰岛素抵抗增加2型糖尿病患病率，其促炎特性还与哮喘、肠易激综合征等疾病相关。
天然存在于乳制品和反刍动物肉中的共轭亚油酸属于反式脂肪酸的异构体，现有研究显示其可能具有调节免疫、改善体成分等潜在益处。但日常饮食中这类天然反式脂肪酸的摄入量通常不足总脂肪的0.5%，其健康效应仍需更多临床验证。
建议日常饮食中尽量减少加工食品的摄入，购买包装食品时注意查看营养成分表中"反式脂肪酸"含量，选择标注"0克"的产品。烹饪时避免油温过高导致的脂肪酸异构化，保持膳食脂肪以单不饱和脂肪酸和多不饱和脂肪酸为主。对于特殊人群如心血管疾病患者，更需严格控制反式脂肪酸摄入量。