健儿药丸作为中成药，在合理使用的情况下一般不会损伤脾胃，但若长期或过量服用可能存在一定影响。其成分功效及个体差异均可能对消化系统产生不同作用。
健儿药丸中含有大黄、槟榔等成分，具有清热导滞的功效。其中大黄性味苦寒，短期使用可促进积滞排出，但长期服用可能减弱脾胃运化功能，导致食欲减退或大便溏泄。槟榔具有行气消积作用，过量使用可能引起胃肠蠕动过快，出现腹部隐痛等不适症状。
儿童脾胃功能尚未发育完善，对药物的敏感性较高。若因积食症状改善后仍持续用药，可能干扰正常的胃肠菌群平衡，出现舌苔白厚、反复腹胀等脾虚表现。临床使用该药时，通常建议疗程不超过3天，且需严格按体重计算剂量。
服用健儿药丸期间，建议搭配米粥、山药等易消化食物，避免同时食用生冷油腻食品。若用药后出现持续腹痛、腹泻或食欲明显下降，应立即停药并咨询中医师。家长切勿因急于缓解症状而自行增加给药频次或延长疗程，婴幼儿用药前需经专业医师评估体质适应性。