阴茎短小的治疗方法需要根据具体原因选择，可能涉及内分泌调节、物理治疗或手术矫正。常见处理方法包括观察等待、药物治疗、物理治疗以及手术治疗等，需在医生指导下选择合适的方案。
1、日常调理
若阴茎短小与肥胖相关，可通过减脂改善外露长度。日常需保持健康体重，避免过度焦虑。青春期前男性仍有发育潜力，无需过早干预，定期监测生长情况即可。
2、药物治疗
先天性激素分泌不足者，可在医生指导下使用十一酸睾酮胶丸、重组人生长激素注射液等药物补充激素。甲状腺功能减退导致的发育迟缓，需服用左甲状腺素钠片调节甲状腺功能。
3、物理治疗
真空负压装置可通过机械牵拉促进海绵体组织增生，但需连续使用3-6个月方能见效。此类物理疗法对部分患者可能有效，需配合专业医师指导使用。
4、手术治疗
成年后确属阴茎短小症（勃起长度小于9.3cm）且影响功能者，可考虑阴茎延长术。该手术通过切断部分悬韧带使阴茎体外部分延长约2-3cm，但存在血肿、感染等风险，术后可能出现阴茎稳定性下降。
阴茎发育受遗传、内分泌等多因素影响，建议至正规医院泌尿外科进行激素水平检测、染色体分析等检查。18岁以下青少年不建议过早干预，多数男性实际尺寸在正常范围内，无需与网络信息过度对比。切勿自行使用市售增大产品或偏方，避免造成组织损伤。存在严重心理困扰者可配合心理咨询疏导，建立正确的身体认知。