茯苓与茯神在来源部位、功效侧重及临床应用上存在差异。茯苓为多孔菌科真菌茯苓的干燥菌核，茯神是其菌核中带有松根的部分，二者虽同源但药用特性不同。
1、来源部位区别
茯苓是寄生在松树根上的菌核整体，经去皮、切块、干燥制成，呈类球形或不规则块状。茯神在茯苓菌核生长过程中，会包裹松树的细根，形成带有木质芯的特定部位，横切面可见淡棕色松根贯穿。
2、功效侧重不同
茯苓主要功效为利水渗湿、健脾宁心，能促进体内水液代谢，改善小便不利或水肿。茯神因含有松根成分，在中医理论中认为松脂具有安神作用，故其宁心安神效果更显著，常用于心慌失眠，而健脾利湿作用较茯苓弱。
3、临床应用差异
茯苓常用于脾虚湿盛引起的食少便溏，配伍白术、党参等健脾药物。茯神多用于心脾两虚导致的失眠健忘，常与酸枣仁、远志同用，如安神定志丸。现代研究显示，茯神中松醇等成分对中枢神经有调节作用。
使用此类药材需注意，阴虚火旺者慎用茯神，避免加重燥热症状。建议在中医师辨证指导下选用，两者不宜互相替代使用，煎煮时茯神需捣碎利于成分析出。药材保存时应防潮防蛀，定期晾晒。